real-time PCR primer 디자인 (2)

저번 글에 이어서 이번에는 다른 바이러스를 가지고
한번 더 디자인을 해보려고 한다.

2024.03.17 - [분자생물학] - PCR primer design하기

PCR primer design하기

자세한 설명과 구체적인 방법은 위에 글 참고

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이번에 선택한 바이러스는 " Simian virus 40"이다.
NCBI에 Simian virus 40 complete genome 검색해서
NCBI reference number 확인하고 ( NC_001669.1)

CDS를 확인해주려고 하는데
/product가 non-structure나 capsine같은게 아니라 다 가설단백질(hypothetical protein)이었다.
가설단백질이면 곤란한게 기능,서열이 밝혀지지 않았기 때문..
따라서 large T antigen을 만드는 gene을 선택하였다.
 
 /gene:

SV40gp6

 

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primer 3(ver.0.4)를 이용하여 돌려주면

left primer=forward primer:

tagtggctgggctgttcttt

right primer=reverse primer:

ggtgggttaaaggagcatga

product size는 194로 잘 나왔다. 

tm값이나 gc비율도 확인할 수 있다.