분자생물학11 Bovine adenovirus 정량 검출을 위한 Taqman Probe Realtime PCR date.24.05.14 1. introductionBovine adenovirus-가장 흔하게 감염되는 바이러스 중 하나-소 유래 물질을 원료로 하는 생물의약품, 조직공학제제, 세포치료제 등에서 BADV 안정성 확보를 위해원료물질, 제조공정, 완제품에서 BADV를 정량적으로 검출하고 제조공정에서 BADV 제거 검증을 위한 시험법으로 활용이 가능하다. Taqman probe-5'말단은 형광물질, 3'말단은 형광억제물질로(Quencher) 수식한 Taqman Probe를 PCR 반응액에 첨가한 반응이다.-Extension 반응 시에 Taq DNA polymerase가 갖는 5'->3' Exonulease 활성으로 template에 hybridze한 taqman probe가분리되어 형광색소가 probe에 .. 2024. 6. 29. E.coli prep 및 일반 PCR 실험 - DNA prep method1) 1.5 mL tube에 Labeling2) 1.5 mL tube에 Proteinase K ....20uL 첨가, E.coli 200uL첨가, GB buffer 200uL 첨가3) vortexing 후, spin down, incubation 60도 10min4) Incubationg 60 °C, 10min5) 99% EtOH 400 uL 첨가 후 pipetting6) Binding column을 collection Tube에 장착 후 820 uL용액 전체를 옮김7) Centrifuge 8000rpm, 1min8) 내려간 Solution 제거, Binding Column을 Collection Tube에 다시 장착9) WA1 500 uL 첨가10) Centrifuge 8.. 2024. 5. 1. mutation의 종류와 특징 돌연변이 종류와 특징-돌연변이(mutation): DNA 뉴클레오타이드 서열에 있어서 영구적인 변화를 돌연변이라 한다. 돌연변이1) 유전자 돌연변이: DNA 치환, 첨가, 결실point mutation: DNA 염기하나에 일어나는 변화 (유전자 내 염기서열 변화로 뉴클레오티드 소실, 혹은 추가) -> 아미노산 변화 -> 단백질 구조 변화 - point mutation 종류● 침묵 돌연변이: 돌연변이가 필수적이 아닌 DNA에 생긴다거나 어떤 유전자의 기능에 무시할 정도의 영향밖에 미치지 않을 경우 / 단백질 암호화 서열에서 염기서열은 변화했지만 단백질 코돈은 존재 X● 중립 돌연변이: 아미노산 서열이 변화하지만, 그 성질이 비슷한 아미노산으로 변화하는 경우 ● 미스센스 돌연변이: 염기서열이 변하면서 단백.. 2024. 3. 24. real-time PCR primer 디자인 (2) 저번 글에 이어서 이번에는 다른 바이러스를 가지고한번 더 디자인을 해보려고 한다.2024.03.17 - [분자생물학] - PCR primer design하기 PCR primer design하기PCR을 배우게 되면 가장 먼저 하는게 내가 원하는 바이러스에 대한 primer를 디자인하는 것이다. 손으로 직접 하는 방법도 있지만 프로그램을 이용하면 훨씬 간단하게 알아낼 수 있다. 오늘은 그gardening-my-life.tistory.com자세한 설명과 구체적인 방법은 위에 글 참고이번에 선택한 바이러스는 " Simian virus 40"이다.NCBI에 Simian virus 40 complete genome 검색해서NCBI reference number 확인하고 ( NC_001669.1)CDS를 확인해주려고.. 2024. 3. 20. PCR primer design하기 PCR을 배우게 되면 가장 먼저 하는게 내가 원하는 바이러스에 대한 primer를 디자인하는 것이다. 손으로 직접 하는 방법도 있지만 프로그램을 이용하면훨씬 간단하게 알아낼 수 있다. 오늘은 그 방법을 소개하고자 한다.1.먼저, target 바이러스를 NCBI에 들어가서 검색해준다.https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ National Center for Biotechnology Information www.ncbi.nlm.nih.gov검색창에 내가 원하는 바이러스 이름+complete genome으로 검색해준다. EX)예를 들어 porcine parvovirus 바이러스에 대해 pcr을 하자그러면 검색에 porcine parvovirus complete genome을 검색한다.이런 화면.. 2024. 3. 17. Cloning (1)-전체 과정 -방법 A. EGFR의 mRNA를 cDNA로 역전사 효소를 이용하여 역전사 시킨다. (RNA가 변성이 잘되기 때문에 비교적 안정한 DNA를 사용한다.) B. 역전사 시킨 cDNA를 증폭하기 위해 PCR을 진행한다. B-1) DNA이중가닥을 풀기 위해 95도의 열을 가해 변성시킨다. B-2) 약간 냉각시킨 후 45-60도에서 프라이머를 부착한다. B-3) 72도에서 Taq중합효소가 주형가닥에 상보적인 서열로 확장하고 DNA를 형성한다. C. 전기영동을 통해 PCR이 잘 되었나 확인한다. D. 제한효소를 이용해 vector에 증폭한 DNA를 넣어준다. D-1) 단백질들은 우리가 원하는 제한효소를 갖고 있지 않아서 프라이머 양끝에 제한효소 인식 부위를 넣어주고 PCR 처리한다. 따라서 양 끝에 제한효소 처리가.. 2023. 12. 17. 이전 1 2 다음